机械工程学科是福建工程学院的重点优势学科，具有学位授予点。在机构和机器人动力学、机电一体化和优化设计方面形成了明显的特色
我校的机械工程与应用电子技术学科共设七个学科部，分别为：工程力学学科部；机械设计及理论学科部；CAD/CAM中心；机械基础教学部；机电控制学科部；机械制造
及自动化学科部；测控技术与仪器学科部。
该学科有四个特色学科方向：
| 机械设计及理论 | 高速机构动力学平衡 弹性、含间隙机构动力学规划 机械系统非线性振动特性分析 柔性冗余度机器人规划和动力学综合 多柔性机器人协调操作 | |
| 机械制造及自动化 | 产品概念设计 整机优化设计 计算机辅助设计及制造技术 | |
| 机械电子工程 | 机械系统监控 机器人技术和应用工程 机电一体化技术 基于敏捷材料的智能结构应用于制造系统实时监视和控制 | |
| 固体力学 | 数值模拟 力学实验检测 机构优化的截面，形状和拓扑层次及其工程 高压容器强度检测 地震监测和预报 |